Programy współpracy terytorialnej i ponadnarodowej

CPE koncentruje się na wspieraniu współpracy terytorialnej oraz ponadnarodowej. Działalność CPE obejmuje programy Interreg (współpraca regionów na wewnętrznych granicach UE) oraz programy Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa (współpraca z regionami z państw sąsiadujących z UE). Ponadto Centrum Projektów Europejskich pełni funkcję Instytucji Pośredniczącej dla Działania 4.3 Współpraca ponadnarodowa w ramach Osi IV Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój.